美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）童年时曾经历一起离奇神秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明。从此穆德便专注于神秘事件的研究，并专门负责FBI总部的X档案部门。因穆德行事乖张，难以驾驭。FBI高层从联邦调查局学院调来女性探员黛娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰），表面上是协助穆德工作，实际上是希望这名崇尚科学的理性探员能够制约穆德的行为。两人最初的合作并不理想，完全不同的思维模式时刻导致争论的爆发。但随着各种离奇案件的出现以及两人交往的加深，穆德和斯科莉最终变成可以为对方出生入死的可靠伙伴……
  X档案关闭后，穆德（David Duchovny 大卫·杜楚尼 饰）和斯科莉（Gillian Anderson 吉莲·安德森 饰）被分开。穆德受命执行监听工作，斯科莉则回到学院读书。
　　某日国会议员麦特森（Raymond J. Barry 饰）向穆德透露一条消息，称在波多黎各接收到外星人的电讯。为了在特种部队之前找到外星人的证据，穆德只身前往。得知消息的斯科莉赶到穆德住处，从电脑中的旅客名单中找到线索，尾随来到波多黎各。
　　在波多黎各阿雷希伯，穆德偶遇一个当地人，并从他手里得到一幅外星人的画。但不久后此人便离奇死去。穆德最终能否找到外星人来访的证据？
　　本片荣获1996~1999年度美国作曲家、作家及出版商协会影视音乐奖电视剧集第一名以及其他电影节近70个奖项。
【获奖情况】 

　　第56届金球奖  1999 
　　电视类 剧情类剧集最佳男主角(提名) 大卫·杜楚尼 
　　电视类 剧情类剧集最佳女主角(提名) 吉莲·安德森 

　　第55届金球奖  1998 
　　电视类 剧情类剧集最佳男主角(提名) 大卫·杜楚尼 
　　电视类 剧情类剧集最佳女主角(提名) 吉莲·安德森 

　　第54届金球奖  1997 
　　电视类 剧情类剧集最佳男主角 大卫·杜楚尼 
　　电视类 剧情类剧集最佳女主角 吉莲·安德森 

　　第53届金球奖  1996 
　　电视类 剧情类剧集最佳男主角(提名) 大卫·杜楚尼 
　　电视类 剧情类剧集最佳女主角(提名) 吉莲·安德森